Les fonctionnaires bénéficient-ils d’une assurance maintien de salaire ?

60 à 65 % des agents de la fonction publique disposent d’une assurance prévoyance avec une garantie incapacité de travail. En cas d’arrêt maladie, les fonctionnaires non protégés par ce type de contrat s’exposent à une diminution rapide de leurs indemnités journalières. De quel maintien de salaire pouvez-vous tirer parti ?

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Modifié le 13 août 2025

Les fonctionnaires bénéficient-ils d’une assurance maintien de salaire ?

Maintien de salaire dans la fonction publique : une indemnisation dégressive pour les arrêts longs

Les fonctionnaires peuvent bénéficier de différents types de congés maladie. Chacun est assorti de conditions spécifiques en termes de durée ou de maintien de salaire. Ces dispositifs visent à assurer une protection financière aux agents publics en cas d’incapacité de travail prolongée.

Congé maladie ordinaire : jusqu’à trois mois de salaire complet

Le « congé maladie ordinaire », ou CMO, constitue le premier niveau d’indemnisation pour les fonctionnaires. D’une durée de six mois consécutifs, il peut être renouvelé une fois, portant la période totale à un an.

Durant les trois premiers mois, le fonctionnaire bénéficie d’un maintien de salaire intégral (à 100 %). Au-delà, la rémunération brute de l’agent est ensuite réduite de moitié pour les neuf mois restants.

Congé longue maladie : une rémunération partielle pendant trois ans

Le congé de longue maladie, ou CLM, est accordé sur avis du comité médical en cas de pathologie invalidante. Sa durée initiale peut varier de trois à six mois, mais le congé est ensuite renouvelable régulièrement jusqu’à un maximum de trois ans :

  • Durant la première année, le fonctionnaire bénéficie du maintien intégral de son traitement indiciaire.
  • Les deux années suivantes, la rémunération est réduite de moitié.

Congé de longue durée (CLD) : protection renforcée pour les pathologies lourdes

Le congé de longue durée, ou CLD, peut être accordé par l’administration en cas de maladie grave. Cela peut inclure, entre autres, le cancer ou les déficits immunitaires. Valable initialement pour une période de cinq ans, il peut être étendu à huit ans si la maladie a été contractée dans le cadre de l’activité du fonctionnaire.

Les règles applicables au maintien de salaire en CLD dépendent du cas applicable :

  • Pour un CLD de cinq ans au maximum, le fonctionnaire bénéficie de sa rémunération intégrale pendant les trois premières années. Elle est diminuée de moitié pour les deux dernières années.
  • Pour un CLD prolongeable jusqu’à huit années, le traitement complet est maintenu cinq ans. Il passe ensuite à 50 % pour les trois dernières années.

Bon à savoir : plus de droit à une indemnité différentielle

Depuis le 1er juillet 2020, les fonctionnaires à demi-traitement ne peuvent plus bénéficier d’une indemnité différentielle. Cette dernière leur permettait, le cas échéant, de compenser la différence avec les indemnités journalières de la sécurité sociale (IJSS) dans le secteur privé. La prévoyance complémentaire est désormais la seule solution pour améliorer votre indemnisation.

Les primes et indemnités du fonctionnaire sont-elles maintenues ?

Pendant toute la durée de l’arrêt, deux éléments de rémunération restent versés en intégralité, indépendamment de la nature du congé maladie :

  • L’indemnité de résidence.
  • Le supplément familial de traitement (SFT).

Concernant les primes et indemnités de la fonction publique d’État, comme la nouvelle bonification indiciaire (NBI), la règle est différente. Elles sont versées dans des proportions semblables au traitement, soit par exemple à 100 % pendant trois mois, puis à 50 % pendant neuf mois dans le cas d’un CMO.

Dans la fonction publique territoriale, les conditions de suspension ou de maintien des primes et indemnités après les trois premiers mois d’arrêt sont déterminées par délibération de la collectivité territoriale.

Pour la fonction publique hospitalière, enfin, aucune règle générale n’est établie en matière de maintien des primes et indemnités. Les modalités sont susceptibles de varier dans chaque établissement.

Fonctionnaires : pourquoi souscrire un contrat prévoyance ?

La souscription d’un contrat de prévoyance complémentaire facultatif est une démarche judicieuse pour les fonctionnaires. Elle leur permet d’éviter une baisse de revenu en cas de maladie ou invalidité.

Les employeurs publics assumeront bientôt une partie de la cotisation de prévoyance complémentaire de leurs agents. Cet engagement résulte d’un accord interministériel signé le 20 octobre 2023 entre le ministre de la Fonction publique et six organisations syndicales.

À compter du 1er janvier 2025, les administrations proposeront des contrats de prévoyance collectifs, auxquels les agents actifs pourront adhérer ou non. Ces contrats comporteront des garanties interministérielles de prévoyance, identiques pour tous les employeurs publics. Elles vont compléter les prestations du régime de base concernant par exemple :

  • L’indemnisation du congé de longue maladie (CLM).
  • La prestation compensatoire en cas d’invalidité.
  • Le capital décès du fonctionnaire.

Ces contrats prévoiront des garanties additionnelles, notamment pour le congé de maladie ordinaire et le CLM.

L’employeur public participera financièrement à hauteur de 7 € par mois et par agent. Cette incitation financière devrait constituer, à terme, une raison supplémentaire de se protéger pour l’ensemble des fonctionnaires encore sans prévoyance.

La généralisation d’une prévoyance collective facultative au sein de la fonction publique devrait considérablement améliorer la protection sociale des agents. Ces derniers pourront compter sur un meilleur revenu de remplacement s’ils subissent un arrêt prolongé en raison d’un problème de santé.